Співпраця з музейними установами України має різносторонній характер, полягає в залученні співробітників центральних, обласних та районних музеїв до роботи в археологічних експедиціях ІА НАНУ, наданні фахових науково-методичних консультацій, підвищенні фаху музейників, читанні лекцій та проведенні екскурсій по розкопках, передачі археологічних колекцій на постійне зберігання до державних музеїв, участі та консультаціях в організації експозицій та тематичних вистакок, допомозі з консервацією та реставрацією знахідок, спільному опрацюванні колекцій, підготовці до друку каталогів та окремих знахідок тощо.

Зокрема за останні 5 років відбувалася співпраця з такими музеями:

Заповідники:
Національний заповідник «Софія Київська» (м. Київ);
Національний заповідник «Херсонес Таврійський», (м. Севастополь, АР Крим), 2013 р.;
Національний архітектурно–історичний заповідник «Чернігів стародавній» (м. Чернігів);
Національний історико-культурний заповідник «Чигирин» (м. Чигирин);
Національний історико–етнографічний заповідник «Переяслав» (м. Переяслав);
Національний історико–культурний заповідник «Гетьманська столиця» (м. Батурин);
Вишгородський державний історико–культурний заповідник (м. Вишгород);
Державний історико-культурний заповідник «Межибіж» (смт Меджибіж);
Державний історико-культурний заповідник «Трипільська культура» «Трипільська культура» (Черкаська обл., Тальнівський р-н, с. Легедзине);
Історико-культурний заповідник «Більськ» (смт Котельва, Полтавська обл.);
Керченський історико-культурний заповідник, м. Керч (АР Крим), 2013 р.;
Музеєй-заповідник «Хортиця».

Музеї:
Національний музей історії України (НМІУ, м. Київ);
Національний культурно-мистецький комплекс «Мистецький Арсенал» (м. Київ);
Музеєй історії Десятинної церкви (м. Київ);
Харківський історичний музей імені М. Ф. Сумцова;
Музей археології Харківского національного університету ім. В. Н.Каразіна (м. Харків);
Черкаський міський археологічний музей Середньої Наддніпрянщини; 
Чернігівський обласний історичний музей ім. В. В. Тарновського.

Краєзнавчі музеї:
Миколаївський обласний краєзнавчий музеєй «Старофлотські казарми»;
Очаківський воєнно–історичний музей ім. О. В. Суворова (філія Миколаївського обласного краєзнавчого музею «Старофлотські казарми», м. Очаків);
Путивльський державний історико-краєзнавчий заповідник;
Херсонський обласний краєзнавчий музеєй;
Білгород-Дністровський краєзнавчий музей;
Дніпровський обласний краєзнавчий музеєй ім. Д. Яворницького (м. Дніпро);
Житомирський обласним краєзнавчим музеєм;
Івано-Франківський краєзнавчий музеєй;
Коростеньський краєзнавчий музей;
Запорізький краєзнавчий музей;
Львівський краєзнавчий музей;
Харківський краєзнавчий музей;
Фастівський краєзнавчий музей;
Дніпропетровський краєзнавчий музей;
Винниківський краєзнавчий музей;
Борщівський краєзнавчий музей;
Лубенський краєзнавчий музей.

У цілому, наукові спіробітники ІА НАНУ мають плідну співпрацю з більше ніж з трьома десятками музейних установ України різних форм підпорядкування.