Співпраця співробітників ІА НАНУ з іншими науковими установами в першу чергу поширюється на інші установи НАН України, зокрема:

Інститутом географії НАНУ,
Інститутом геологічних наук НАНУ,
Інститутом геофізики НАНУ,
Інститутом геохімії навколишнього середовища НАНУ
Інститутом зоології ім. І.І. Шмальгаузена НАНУ.
Інститутом прикладної фізики НАН України (Суми).
Інститутом українознавства ім. Крип’якевича НАНУ.
Національним історико-археологічним заповідником «Ольвія» НАНУ.
Одеський археологічний музей НАНУ
Палеонтологічним музеєм НЦПН НАНУ,
Природничим музеєм НАНУ (Київ).

Розвиток міжінституціонального співробітництва
Інститут здійснює ефективне співробітництво з установами, що ведуть діяльність у сфері дослідження, збереження та популяризації археологічної спадщини як в Україні, так і у світі.
Основними механізмами налагодження дієвого співробітництва є:
- довгострокові проекти на рівноправній основі теоретико-методологічного, аналітичного, джерелознавчого, пам’яткознавчого, історіографічного, експедиційного спрямування;
- спільні конференції, семінари, круглі столи тощо, що спрямовані на обмін інформацією про результати наукових досліджень, налагодження дієвої інтелектуальної мережі;
- заходи, спрямовані на вироблення спільної позиції з питань у сфері;
- спільні підсумкові заходи включно з тематичними виставками;
- спільні видавничі проекти;
- стажування, короткотермінові та довгострокові стипендії навчання, обмін спеціалістами;
- сприяння наданню взаємного доступу до дослідницької інфраструктури;
- спільні виставково-експозиційні проекти;
- налагодження ефективного обміну інформацією про можливості співробітництва, заплановані заходи, проекти, стажування тощо.
- запровадження практик подвійного керівництва кваліфікаційними роботами різного рівня.
Діяльність у вказаному напрямі відбувається на підставі укладених договорів між інституціями, інформація про які опублікована на сайті Інституту. Ефективна діяльність у цьому напрямі сприяє розвитку професійної спільноти та інтеграції у світовий інтелектуальний простір.
Окрім того, співпраця на рівні наукових підрозділів відбувається з наступними установами та організаціями:

Українським Державним геологорозвідувальним інститутом;
ДГП «Укргеофізика»;
Науково–дослідним центром «Часи козацькі»;
Державним науковим центром захисту культурної спадщини від техногенних катастроф Адміністрації зони відчуження України;
Історико–культурною асоціацією «Україна-Туреччина»;
Запорізькою державною обласною інспекцією по охороні пам'яток історії та культури;
Центром охорони та досліджень пам’яток археології Управління культури Полтавської облдержадміністрації;
Обласною інспекцією по охороні пам'яток історії та культури Херсонської облдержадміністрації;
Координаційною радою по вивченню Більського городища скіфського часу об’єднує фахівців ІКЗ «Більськ», Харківського національного університету ім. В.М. Каразіна та співробітників ІА НАН України;
Миколаївською обласною державною адміністрацією – Управлінням культури, релігії і національностей;
Міністерством культури України;
Одеською обласною державною адміністрацією;
Комунальним підприємством «Фортеця» Одеської обласної державної адміністрації.