Інститут археології здійснює та координує польові експедиційні археологічні (розвідки і розкопки) та підводні археологічні дослідження, впроваджуючи й поширюючи провідні методи вивчення археологічної спадщини (передовсім, неруйнівні методи дослідження). Базовими принципами експедиційної діяльності Інституту є професійність, системність, комплексність, міждисциплінарність (геоінформаційні, геофізичні, палеоекологічні, палеозоологічні, палеоантропологічні, хіміко-технологічні аналізи), контекстуальність, дотримання методик.

Експедиційні польові дослідження Інституту проводяться у трьох пріоритетних напрямах:
- системне, довготривале, комплексне вивчення археологічних пам’яток (та їх оточуючого середовища), що обрані базовими/еталонними/показовими для основних періодів давньої історії України. Цей напрямок корелюється/узгоджується/є невід’ємною складовою НДР (планових тем), які реєструються Інститутом;
- превентивне дослідження археологічних об’єктів, яким завдано або може бути заподіяно шкоду в результаті реалізації проектів із господарського освоєння територій або під впливом інших факторів. Ці дослідження передбачають комплекс різновидів діяльності, що за своєю природою ставить за мету обмеження ризику для археологічної спадщини у її контексті. Складовою частиною цього напряму є охоронні дослідження;
- суцільні археологічні обстеження, пов’язані зі створенням загальнодержавних реєстрів/кадастрів археологічних пам’яток України, тощо. Цей напрям передбачає верифікацію та використання вже наявної інформації.
- системне вивчення підводної археологічної спадщини в межах територіальних вод України.

Експедиційні дослідження Інституту забезпечують отримання нових наукових знань у галузі археології, давньої історії та антропології (антропогенез на теренах України; історія та культура давнього населення України кам’яної доби; історія та культура давнього населення України доби палеометалів; історія та культура кіммерійців, скіфів та сарматів; історія та культура античних міст-держав; історія та культура давніх слов’ян та їх сусідів; історія та культура Київської Русі; історія та культура середньовічної України; історія та культура Нової доби, історична антропологія та біоархеологія тощо), а також формуванню археологічних колекцій (державної частини Музейного фонду України), розпорядником яких є Інститут археології.

Результат експедиційної роботи – звіти, науково опрацьовані колекції, консервація розкопаних об’єктів з пропозиціями по музеєфікації, музейні експозиції, виставки.