Пам’яткоохоронний напрям належав до сфери діяльності археологічних структур від початку існування Української академії наук.

З часом переважна більшість функцій у цій сфері була надана чиновникам, що в результаті багаторічного некомпетентного управління сферою, призвело до існуючого вкрай незадовільного стану у сфері охорони археологічної спадщини.

Ефективне функціонування пам’яткоохоронної сфери забезпечується науковим підґрунтям, яке має напрацьовувати Інститут археології:
- фахове виявлення та облік об‘єктів археологічної спадщини;
- розробка принципів створення, наповнення, функціонування реєстру пам’яток археології;
- наукове обґрунтування заходів зі збереження, музеєфікації, реставрації відтворення археологічних об‘єктів;
- розробка принципів узгодження проектів освоєння територій з вимогами охорони археологічної спадщини;
- напрацювання ефективних механізмів протидії несанкціонованим розкопкам і нелегальному обігу археологічних предметів;
- напрацювання вимог/критеріїв до базових знань та кваліфікаційних вимог до підготовки/підвищення кваліфікації співробітників органів охорони археологічної спадщини.

Реалізація таких підходів дає можливість впровадження системних змін та поступового покращення ситуації/сталих позитивних змін у сфері охорони археологічної спадщини.