Опис 1 справ постійного зберігання містить 915 одиниць зберігання за 1944—1975 рр.

Опис 2 впорядкованих справ науково-дослідної документації містить:

1. Фонд "Музею старожитностей при Київському університеті Святого Володимира" — це комплекс документів, які відображають розвиток археології в Україні (каталоги, описи, реєстри, інвентарні книги археологічних знахідок, листування з різними товариствами, установами та окремими особами, фотографії археологічних знахідок, різні плани й креслення археологічних об'єктів та інше). Фонд містить 120 одиниць зберігання за 1826—1925 рр.

2. Фонд Всеукраїнського Археологічного Комітету (ВУАК) (1918—1932), ВУАК—СІМК (1933—1934), ВУАК—ІІМК (1934—1937) — фонд містить документи про розвиток археології на Україні, про заходи по збереженню пам'яток історії і культури та про археологічні дослідження на Україні в ці роки. Фонд має 1032 одиниці зберігання за 1918—1927 рр.

Крім цього фонд ВУАК має відгалуження відповідно до різних археологічних експедицій:

3. Фонд ВУАК/Дніпробуд — містить документи археологічних досліджень на території будівництва та порожистої частини р. Дніпра між Запоріжжям і Дніпропетровськом, яка входила в зону затоплення в результаті будівництва Дніпровської ГЕС і має 213 одиниць зберігання за 1927—1933. Оскільки це досить великий комплекс документів, він виділений в окремий фонд;

4. Інші підрозділи фонду ВУАК, дуже невеличкі за розмірами, вони виділені в окремий фонд — ВУАК/експедиції

ВУАК/Донецьке городище (1928—1930) — 23 од. зб.
ВУАК/Ольвія (1928—1930) — 48 од. зб.
ВУАК/Райки (1929—1933) — 29 од. зб.
ВУАК/Київ (1926—1932) — 6 од. зб.

5. Фонд Інституту Історії Матеріальної Культури (ІГМК). Цей фонд розділено відповідно до документів різних археологічних експедицій. Матеріали фонду представлені науковими звітами та польовою документацією археологічних експедицій про розкопки та дослідження археологічних пам'яток:

ПМК/Вишгород (1934—1937) — 73 од. зб.
ПМК/Гонці (1935) — 5 од. зб.
ПМК/Деснянська експедиція (1936—1937) — 17 од. зб.
ПМК/Київ (1935—1937) — 50 од. зб.
ІІМК/Коростень (1934) — 6 од. зб.
ІІМК/Нікополь (1935—1937) — 19 од. зб.
ПМК/Ольвія (1935—1937) — 57 од. зб.
ПМК/Райки (1934—1936) 44 од. зб.
ПМК/Сосниця (1935) — 1 од. зб.
ІІМК/Стара Буда (1937) — 2 од. зб.
ПМК/Трипільська експедиція (1934—1937) — 16 од. зб.
ПМК/Поліська експедиція (1936) — 6 од. зб.
ІІМК/Запоріжжя (1937) — 1 од. зб.
ІІМК/Киселево (1938—1940) — 14 од. зб.

6. Фонд Інституту археології (ІА). Цей фонд також розділено відповідно до документів різних археологічних експедицій. Матеріали фонду представлені науковими звітами та польовою документацією археологічних експедицій про розкопки та дослідження археологічних пам'яток:

ІА/Ольвія (1938-1940) — 19 од. зб.
ІА/Київ (1938-1940) — 93 од. зб.
ІА/ Трипільська експедиція (1938-1939) — 10 од. зб.
ІА/Августинівка і Бердиж (1938) — по 1 од. зб.
ІА/Середньодніпровська експедиція — (1940—30.06.1941) 12 од. зб.
ІА/розідки (1940) — 5 од. зб.
ІА/Полтавська експедиція (1938) — 9 од. зб.
ІА/Скіфська експедиція (1938) -11 од. зб.
ІА/Городськ (193 9-1940) — 3 од. зб.
ІА/Ільїнка (1938-1940) — 8 од. зб.
ІА/Лубенська експедиція (1939) — 4 од. зб.
ІА/Шарпівське городище (1939—1940) — 29 од. зб.

7. Фонд наукових робіт налічує 982 одиниці зберігання, сюди входять:

а) наукові роботи з археології України, їх налічується 399 одиниць зберігання за 1936—1995 рр, сюди входять монографічні праці та науково-дослідні розробки.
б) оригінали дисертацій на здобуття наукових ступенів кандидатів та докторів історичних наук, їх налічується 294 одиниць зберігання за 1953—2005 рр.
в) тексти планових тем, вони містять результати наукових досліджень і розробок різних відділів Інституту археології за певними темами, які розроблялися протягом кількох років (3—5 років) і налічують 305 одиниць зберігання за 1979—2004 рр.

8. Фонд експедицій містить наукові звіти археологічних експедицій про розкопки та розвідки археологічних пам'яток на території України за 1945—2004 рр., які проводились не тільки Інститутом археології, а й обласними музеями і багатьма університетами та інститутами, а також польова документація експедицій Інституту археології. Всього 28165 одиниць зберігання на 1.04.2006 р.

9. Крім того, в Науковому архіві зберігається 42 особових фондів вчених-археологів. Це багатоаспектний комплекс документів наукового, суспільно-політичного та особистого характеру. Вони є цінним джерелом досліджень з питань археології, давньої історії, етнографії, музеєзнавства та мистецтвознавства. У кожному фонді різна кількість одиниць зберігання: фонд Ф.К.Вовка — 5104 од. зб. за 1870—1918 рр.; В.В.Хвойки — 2645 од. зб. за 1893—1914 рр.; С.С.Гамченка — 229 од. зб. за 1876—1931 рр.; І.Ф.Левицького — 24 од. зб. за 1925—1952 рр.; М.В.Сібільова — 177 од. зб. за 1920—1943 рр.; П.І.Смолічева — 116 од. зб. за 1907—1933 рр.; О.С.Федоровського — 49 од. зб. за 1916—1930 рр.; І.М.Фещенка — 12 од. зб. за 1926—1940 рр.; Д.М.Щербаківського — 553 од. зб. за 1877—1927 рр.; П.П.Курінного — 56 од. зб. за 1905-1941 рр.; В.А.Грінченка — 11 од. зб. за 1925—1932 рр.; С.С.Магури — 7 од. зб. за 1921-1935 рр.; К.Ю.Коршака — 14 од. зб. за 1934—1938 рр.; А.В.Добровольського — 38 од. зб. за 1927—1954 рр.; О.Ф.Лагодовської — 40 од. зб. за 1933—1954 рр.; В.І.Платонова — 268 од. зб за 1900—1969 рр.; Л.М.Славіна — 167 од. зб. за 1935—1971 рр.; Д.Т.Березовця — 38 од. зб. за 1947—1970 рр.; М.В.Кузнецова — 7 од. зб. за 1929—1941 рр.; Т.М.Мовчанівського — 17 од. зб. за 1920—1934 рр.; М.О.Макаренка — 6 од. зб. за 1923 та 1926 рр.; Р.О.Юри — 66 од. зб. за 1951—1977 рр.; Л.Д.Дмитрова — 63 од. зб. за 1940, 1945—1953 рр.; В.В.Лапіна — 60 од зб. за 1954—1980 рр.; Є.Ф.Покровської — 108 од. зб. за 1948—1965 рр.; В.М.Даниленка — 219 од. зб. за 1946—1982 рр.; В.А.Ільїнської — О.М.Тереножкіна — 98 од. зб. за 1936—1981 рр.; Я.П.Новицького — 7 од. зб. за 1884—1922 рр.; Г.Г.Мезенцевої — 158 од. зб. за 1946—1985 рр.; М.Я.Рудинського — 127 од. зб. за 1912—1958 рр.; І.І.Артеменка — 233 од. зб. за 1967-1989 рр.; С.М.Бібікова — не описаний; Є.В.Махно— 168 од. зб. за 1938—1992 рр.; М.І.Вязьмітіної — 197 од. зб. за 1925—1972 рр.; В.А.Богусевича — 40 од. зб. за 1947—1960 рр.; Д.І.Бліфельда — 73 од. зб. за 1854—1965 рр.; М.М.Шмаглія — не описаний; Ю.Ф.Шумовського — 36 од. зб. за 1991—1997 рр.; В.М.Клюшинцева — не описаний; М.П.Кучери — 162 од. зб. за 1969—1995 рр.; А.І.Кубишева — не описаний; Г.Л.Євдокимова — не описаний.

Науковий архів має також велику негатеку, куди входять негативи (на скляних пластинках та фотоплівках) до багатьох наукових звітів за 1945 — 2002 рр.; негативи на скляних пластинках з археологічних досліджень за 20—30-ті рр.. XX століття; негативи на скляних пластинках та фотоплівках з багатьох особових фондів вчених-археологів за 1897—1992 роки. Негатека містить 50 тис. одиниць зберігання, серед них 20 тис. од. зб. — негативи на скляних пластинках.