Інститут проводить фундаментальні та прикладні дослідження наукові дослідження з актуальних напрямів археології та давньої історії з метою отримання нових наукових знань, їх використання для практичних цілей, збереження та передачі наступним поколінням. Концептуальним принципом фундаментальних та прикладних досліджень є їх контекстуальність і міждисциплінарність.

Теоретико-методологічні розробки Інституту передбачають:
- дослідження понятійного/категорійного/термінологічного апарату науки: вивчення трансформацій змісту, удосконалення з урахуванням сучасних тенденцій розвитку наук, розробка і введення до наукового обігу узгодженої термінології;
- теоретичні розробки у контексті реконструкції давньої історії (соціально-економічні, етнічні, культурні, політичні, історико-археологічні, екологічні моделі тощо);
- дослідження, удосконалення та впровадження нових ефективних методик. Основний напрям розробок методик польових досліджень – впровадження та вдосконалення неруйнівних методів; основний напрям для лабораторного опрацювання – розширення можливостей отримання інформації з вже існуючих джерел за рахунок новітніх методів; для археологічного картографування – загальний реєстр пам’яток України, інтеграція у європейські БД; а також методик каталогізації, методик аналітичних, джерелознавчих, пам’яткознавчих, історіографічних досліджень тощо.

Джерелознавчі та пам’яткознавчі розробки Інституту спрямовані на:
- систематизацію та каталогізацію джерельної бази археології та давньої історії (фондові, архівні, бібліотечні колекції);
- створення баз даних та картографування даних і метаданих археологічної спадщини (рухомих і нерухомих пам’яток);

Аналітичні розробки Інституту охоплюють:
- інтерпретаційні дослідження;
- реконструкції давньої історії населення, що мешкало на території України.

Історіографічні розробки Інституту передбачають:
- вивчення трансформацій місця і ролі археології та давньої історії у соціо-політичному середовищі країни;
- дослідження інституціонального розвитку археології та давньої історії;
- вивчення історії археологічних досліджень;
- студії з проблемної історіографії (історія ідей та понять; історія археологічної думки);
- біографічні та біобібліографічні студії тощо.

Фундаментальні та прикладні дослідження наукові дослідження Інституту здійснюються шляхом / через:
- виконання науково-дослідних робіт (НДР);
- проведення досліджень на здобуття кваліфікаційного рівня (дисертаційних);
- організацію семінарів, конференцій, практикумів;
- створення постійно діючих дискусійних просторів;
- створення тимчасових наукових колективів;
- адаптацію науково-організаційної структури Інституту під потреби актуальних наукових досліджень (створення груп, секторів, відділів лабораторій тощо).

Результатом збалансованого та ефективного здійснення теоретико-методологічних, аналітичних, та практичних – джерелознавчих, пам’яткознавчих, історіографічних досліджень Інституту є нове наукове знання, зафіксоване на носіях інформації: наукові звіти, публікації (монографії, збірники статей, матеріали семінарів і конференцій, методичні рекомендації, каталоги, автореферати тощо), бази даних, проекти науково-методичних документів тощо.


Інститут археології здійснює та координує польові експедиційні археологічні (розвідки і розкопки) та підводні археологічні дослідження, впроваджуючи й поширюючи провідні методи вивчення археологічної спадщини (передовсім, неруйнівні методи дослідження). Базовими принципами експедиційної діяльності Інституту є професійність, системність, комплексність, міждисциплінарність (геоінформаційні, геофізичні, палеоекологічні, палеозоологічні, палеоантропологічні, хіміко-технологічні аналізи), контекстуальність, дотримання методик.

Експедиційні польові дослідження Інституту проводяться у трьох пріоритетних напрямах:
- системне, довготривале, комплексне вивчення археологічних пам’яток (та їх оточуючого середовища), що обрані базовими/еталонними/показовими для основних періодів давньої історії України. Цей напрямок корелюється/узгоджується/є невід’ємною складовою НДР (планових тем), які реєструються Інститутом;
- превентивне дослідження археологічних об’єктів, яким завдано або може бути заподіяно шкоду в результаті реалізації проектів із господарського освоєння територій або під впливом інших факторів. Ці дослідження передбачають комплекс різновидів діяльності, що за своєю природою ставить за мету обмеження ризику для археологічної спадщини у її контексті. Складовою частиною цього напряму є охоронні дослідження;
- суцільні археологічні обстеження, пов’язані зі створенням загальнодержавних реєстрів/кадастрів археологічних пам’яток України, тощо. Цей напрям передбачає верифікацію та використання вже наявної інформації.
- системне вивчення підводної археологічної спадщини в межах територіальних вод України.

Експедиційні дослідження Інституту забезпечують отримання нових наукових знань у галузі археології, давньої історії та антропології (антропогенез на теренах України; історія та культура давнього населення України кам’яної доби; історія та культура давнього населення України доби палеометалів; історія та культура кіммерійців, скіфів та сарматів; історія та культура античних міст-держав; історія та культура давніх слов’ян та їх сусідів; історія та культура Київської Русі; історія та культура середньовічної України; історія та культура Нової доби, історична антропологія та біоархеологія тощо), а також формуванню археологічних колекцій (державної частини Музейного фонду України), розпорядником яких є Інститут археології.

Результат експедиційної роботи – звіти, науково опрацьовані колекції, консервація розкопаних об’єктів з пропозиціями по музеєфікації, музейні експозиції, виставки.