Інститут здійснює ефективне співробітництво з установами, що ведуть діяльність у сфері дослідження, збереження та популяризації археологічної спадщини як в Україні, так і у світі.

Основними механізмами налагодження дієвого співробітництва є:
- довгострокові проекти на рівноправній основі теоретико-методологічного, аналітичного, джерелознавчого, пам’яткознавчого, історіографічного, експедиційного спрямування;
- спільні конференції, семінари, круглі столи тощо, що спрямовані на обмін інформацією про результати наукових досліджень, налагодження дієвої інтелектуальної мережі;
- заходи, спрямовані на вироблення спільної позиції з питань у сфері;
- спільні підсумкові заходи включно з тематичними виставками;
- спільні видавничі проекти;
- стажування, короткотермінові та довгострокові стипендії навчання, обмін спеціалістами;
- сприяння наданню взаємного доступу до дослідницької інфраструктури;
- спільні виставково-експозиційні проекти;
- налагодження ефективного обміну інформацією про можливості співробітництва, заплановані заходи, проекти, стажування тощо.
- запровадження практик подвійного керівництва/кураторства кваліфікаційними роботами різного рівня.

Діяльність у вказаному напрямі відбувається на підставі укладених договорів між інституціями, інформація про які опублічнюється на сайті Інституту.

Ефективна діяльність у цьому напрямі сприяє розвитку професійної спільноти та інтеграції у світовий інтелектуальний простір.