Наукові відділи:
- Відділ археології кам'яної доби
- Відділ археології енеоліту — бронзової доби
- Відділ археології раннього залізного віку
- Відділ античної археології
- Відділ археології ранніх слов'ян
- Відділ давньоруської та середньовічної археології
- Відділ археології Києва
- Відділ археології Криму та Північно-Західного Причорномор'я
- Відділ біоархеології
- Відділ Археологічний музей:
- Сектор експозиції
- Сектор наукових фондів
- Сектор Музей археології Києва
- Відділ Польовий комітет
Науково-допоміжні підрозділи:
- Науковий архів
- Наукова бібліотека
- Служба науково-технічної інформації
- Редакційно-видавничий відділ
Допоміжні підрозділи:
- Фінансово-бухгалтерський відділ
- Канцелярія
- Відділ кадрів
- Юридична служба
- Служба матеріально-технічного постачання
- Господарський відділ
Профспілка
