Співпраця з музейними установами України має різносторонній характер, полягає в залученні співробітників центральних, обласних та районних музеїв до роботи в археологічних експедиціях ІА НАНУ, наданні фахових науково-методичних консультацій, підвищенні фаху музейників, читанні лекцій та проведенні екскурсій по розкопках, передачі археологічних колекцій на постійне зберігання до державних музеїв, участі та консультаціях в організації експозицій та тематичних вистакок, допомозі з консервацією та реставрацією знахідок, спільному опрацюванні колекцій, підготовці до друку каталогів та окремих знахідок тощо.

Заповідники:
Національний заповідник «Софія Київська» (м. Київ)
Національний Києво-Печерський історико-культурний заповідник
Національний заповідник «Херсонес Таврійський», (м. Севастополь, АР Крим), 2013 р.
Національний архітектурно-історичний заповідник «Чернігів стародавній» (м. Чернігів)
Національний історико-культурний заповідник «Чигирин» (м. Чигирин)
Національний історико-етнографічний заповідник «Переяслав» (м. Переяслав)
Національний історико-культурний заповідник «Гетьманська столиця» (м. Батурин)
Вишгородський державний історико-культурний заповідник (м. Вишгород)
Державний історико-культурний заповідник «Межибіж» (смт Меджибіж)
Державний історико-культурний заповідник «Трипільська культура» «Трипільська культура» (Черкаська обл., Тальнівський р-н, с. Легедзине)
Історико-культурний заповідник «Більськ» (смт Котельва, Полтавська обл.)
Керченський історико-культурний заповідник, м. Керч (АР Крим), 2013 р.
Музеєй-заповідник «Хортиця»
Путивльський державний історико-краєзнавчий заповідник

Музеї:
Національний музей історії України (НМІУ, м. Київ)
Національний культурно-мистецький комплекс «Мистецький Арсенал» (м. Київ)
Національний музей мистецтв імені Богдана та Варвари Ханенків (м. Київ)
Музеєй історії Десятинної церкви (м. Київ)
Дніпропетровський національний історичний музей імені Дмитра Яворницького (м. Дніпро)
Харківський історичний музей імені М. Ф. Сумцова
Музей археології Харківского національного університету ім. В. Н.Каразіна (м. Харків)
Черкаський міський археологічний музей Середньої Наддніпрянщини
Чернігівський обласний історичний музей ім. В. В. Тарновського

Краєзнавчі музеї:
Білгород-Дністровський краєзнавчий музей
Борщівський краєзнавчий музей
Винниківський краєзнавчий музей
Житомирський обласним краєзнавчим музеєм
Запорізький краєзнавчий музей
Івано-Франківський краєзнавчий музеєй
Коростеньський краєзнавчий музей
Лубенський краєзнавчий музей
Львівський краєзнавчий музей 
Миколаївський обласний краєзнавчий музеєй «Старофлотські казарми»
Очаківський воєнно-історичний музей ім. О. В. Суворова (філія Миколаївського обласного краєзнавчого музею «Старофлотські казарми», м. Очаків)
Сумський обласний краєзнавчий музей
Харківський краєзнавчий музей
Херсонський обласний краєзнавчий музеєй
Фастівський краєзнавчий музей

Загалом наукові спіробітники Інституту археології НАН України мають плідну співпрацю з більше ніж з трьома десятками музейних установ України різних форм підпорядкування.