Співробітництво ІА НАНУ з навчальними закладами традиційно ведеться відповідно до трьох головних напрямків – викладацька діяльність, наукова співпраця та археологічна практика, оскільки студенти історичних факультетів всіх вишів країни після першого року навчання мають проходити обов’язкову археологічну практику. Останнім часом до студентів історичних факультетів приєдналися практиканти-музеєзнавці, культурологи, історики мистецтва та представники інших спеціальностей.
На базі великих археологічних експедицій (Більська, Ольвійська) проводяться археологічні школи та практикуми для студентів та викладачів.
В експедиціях нашого інституту, відбувається постійна співпраця фахівців різних галузей суміжних та природничих дисциплін; рецензування та наукове консультування бакалаврських та магістерських дипломів, кандидатських та докторських дисертацій, рецензування і незалежна експертиза запланованих та виконаних науково-дослідних робіт в ІА НАНУ і окремих вищих навчальних закладах. Співробітники ІА НАНУ запрошуються головами Державних екзаменаційних комісій (член-кореспондент НАНУ О.П. Моця, д.і.н. А.В. Буйських).
На сьогодні наша установа так чи інакше співпрацює з 39 вищими навчальними закладами. З 13-ма Європейськими та американськими навчальними закладами співпраця грунтується на спільних наукових проектах.
Угоди про співпрацю спрямовані на обробку даних, здобутих під час розкопок, методами сучасних природничих досліджень, зокрема, у галузі антропології, археогенетики та палеопатології. Угоди, укладені за участі відділу античної археології, передбачають широке мультидисциплінарне дослідження пам’яток античної культури в Північно-Західному Причорномор’ї – Ольвії і Березані.
Загалом, станом на 2017 р., в ІА НАНУ діє 10 угод про міжнародне співробітництво з зарубіжними університетами (10 європейськими та 2 американськими), а також 8 угод з вишами України про проходження археологічної практики студентами на базі експедицій ІА НАНУ.
Впродовж 5 останніх років нашими співробітниками здійснювалось керівництво дипломними роботами студентів в білш ніж 15 навчальних закладах. Фахівці здійснюють викладання 77 авторських курсів.
