Співпраця співробітників ІА НАНУ з іншими науковими установами в першу чергу поширюється на інші установи НАН України, зокрема:

Інститут географії НАНУ,
Інститут геологічних наук НАНУ,
Інститут геофізики НАНУ,
Інститут геохімії навколишнього середовища НАНУ
Інститут зоології ім. І.І. Шмальгаузена НАНУ.
Інститут прикладної фізики НАН України (Суми).
Інститут українознавства ім. Крип’якевича НАНУ.
Національний історико-археологічний заповідник «Ольвія» НАНУ.
Одеський археологічний музей НАНУ
Палеонтологічний музей НЦПН НАНУ,
Природничий музей НАНУ (Київ).

Окрім того, співпраця на рівні наукових підрозділів відбувається з наступними установами та організаціями:

Українським Державним геологорозвідувальним інститутом;
ДГП «Укргеофізика»;
Науково–дослідним центром «Часи козацькі»;
Державним науковим центром захисту культурної спадщини від техногенних катастроф Адміністрації зони відчуження України;
Історико–культурною асоціацією «Україна-Туреччина»;
Запорізькою державною обласною інспекцією по охороні пам'яток історії та культури;
Центром охорони та досліджень пам’яток археології Управління культури Полтавської облдержадміністрації;
Обласною інспекцією по охороні пам'яток історії та культури Херсонської облдержадміністрації;
Координаційною радою по вивченню Більського городища скіфського часу об’єднує фахівців ІКЗ «Більськ», Харківського національного університету ім. В.М. Каразіна та співробітників ІА НАН України;
Миколаївською обласною державною адміністрацією – Управлінням культури, релігії і національностей;
Міністерством культури України;
Одеською обласною державною адміністрацією;
Комунальним підприємством «Фортеця» Одеської обласної державної адміністрації.