Зібрання археологічних матеріалів, які стали основою фондової збірки, було започатковане у 1919 р. Комісією зі складання археологічної карти України. У 1920-х - на початку 1930-х рр. воно поповнювалося завдяки діяльності Археологічного комітету ВУАН, а з 1934 р. — Інститутом історії матеріальної культури (від 1938 р. — Інститут археології).

Під час Другої світової війни значна частина археологічних колекцій була втрачена, інша частина потрапила до Державного історичного музею УРСР у Києві. Тож у повоєнні роки нагромадження археологічних матеріалів в Інституті археології розпочалося майже наново. Тривалий час матеріали з розкопок зберігались у відділах і камеральних лабораторіях. Перше сховище для знахідок було обладнане в приміщенні Інституту археології на вул. Кірова, 4 (нині Грушевського) лише на початку 1970-х рр. Упорядкування колекцій тоді провадила О. В. Цвек.

1974 р. фонди увійшли до складу відділу польових досліджень. Початок цього етапу співпав з переїздом Інституту до приміщень Видубицького монастиря. Там колекції спочатку розміщувалися в будівлях Трапезної церкви та дзвіниці, а на початку 1980-х рр. через значне зростання обсягу матеріалів було обладнане сховище в Георгіївському соборі. Під керівництвом завідувача фондів А. Л. Нечитайло матеріали було впорядковано, систематизовано та укомплектовано до 716 колекцій, що охоплювали час від кам’яної доби до середньовіччя.

Результатом цієї попередньої систематизації наприкінці 1970-х рр. було складання «Списку археологічних колекцій» — покажчика (каталога) фондів відповідно до номерів колекцій. Паралельно оброблялися матеріали старих колекцій, на них складалися колекційні описи й картотеки. У 1970-і рр. до фондів щорічно надходило понад 40 тис. од. зберігання, про що інформувалося в квартальнику «Археологія».

У 1987 р. наукові фонди, очолювані Н. О. Сон, увійшли до складу сектора джерелознавства, очолюваним С. О. Біляєвою. Відтоді в роботі підрозділу, крім головного завдання — зберігання та обліку джерел, значна увага приділяється науково-дослідній тематиці в галузі археологічного джерелознавства та впровадженню нових розробок у практику впорядкування та зберігання артефактів. Подальша систематизація матеріалів спрямовувалася на створення бази даних, яка могла стати основою для швидкого пошуку необхідної інформації. На першому етапі завдання полягало в розробці методичних і науково-практичних засад інформаційної системи археологічних джерел, для чого вивчався та використовувався досвід систематизації джерел в Україні та за кордоном. Було розроблено модель інформаційно-пошукової системи «Археолог», попередню структуру опису деяких груп джерел, підготовано електронний каталог колекцій скіфської доби, античності та новобудовних експедицій, введений до автоматичної інформаційної системи. 1991 р. вийшло перше друковане видання
каталога з переліком колекцій розділу первісної археології (препринт у двох частинах), які зберігалися на той час у фондах (Бурдо, Константинеску, Ляшко 1991).

1996 р. фонди стали окремим науково-допоміжним підрозділом Інституту. В межах науково-дослідницьких планових тем цього підрозділу співробітники фондів створили методичні розробки з систематизації, зберігання, обліку та опису археологічних джерел. Практична діяльність спрямовувалася на розробку та впровадження нової структури наукових фондів, їх реорганізацію відповідно до існуючих вимог джерелознавства та інформаційних технологій. Колекції були згруповані за розділами згідно з хронологічним і тематичним принципами.

Особливо важкий і складний період у роботі фондів пов’язаний з багаторазовою зміною приміщень фондосховища наприкінці ХХ ст. Новий етап у розбудові фондів розпочався з будівництва та обладнання спеціального приміщення для фондосховища (2001–2004). Достатні для розміщення колекцій площі нового приміщення було обладнано необхідним устаткуванням для зберігання матеріалів. Це уможливило впорядкування й систематику перевезених колекції за шістьма розділами відповідно до вимог археологічного джерелознавства.

Упродовж 1998–2001 рр. співробітники фондів розробили й втілили в науково-дослідницьку практику якісно новий, сучасний вид обліково-наукової документації — електронні та мультимедійні каталоги. Документація, створена за новими стандартами, дозволяє накопичувати інформацію на електронних носіях з використанням ПК. До каталогів введено науково довідковий апарат та ілюстрації, які демонструють не тільки матеріали колекцій, але й супровідний археологічний контекст. Таким чином досягається мета поєднання в єдину систему матеріалів фондів, архіву та наукових розробок співробітників фондів.

За останнє десятиліття в ході виконання планових тем співробітники фондів набули досвіду в створенні електронної науково-облікової документації, зокрема каталогів. Інформація, розміщена в них, користується значним попитом і необхідна не лише для систематизації археологічних джерел працівниками фондів, а й значного полегшення роботи науковців з матеріалами колекцій.

Принципи інформатизації та систематизації археологічних колекцій Інституту впроваджуються під час створення електронних форм науково-облікової документації: каталогів, колекційних описів, актів прийому та передачі матеріалів, наукових і реставраційних паспортів. Розроблені принципи електронних форм довідкової та науково облікової інформації з археологічної спадщини можуть бути корисними для будь-яких установ, де зберігаються масові колекції рухомих археологічних пам’яток.

Робота з каталогізації археологічних матеріалів — головне завдання співробітників під час опрацювання фондових колекцій, і вона здійснюється постійно згідно з науково-дослідними плановими темами. Метою таких досліджень є створення генеральної електронної бази даних археологічних джерел наукових фондів та Археологічного музею Інституту. Систематизація та впорядкування археологічних матеріалів триває постійно і через значні накопичення минулих років, і через нові щорічні надходження. Складається документація на безпаспортні колекції.

Від 2003 р. робота з колекціями археологічних матеріалів у Наукових фондах здійснюється у тому числі і за програмою НАН України зі збереження наукових об’єктів національного надбання «Скарби давньої історії України». Програма надає можливість публікувати результати досліджень з археологічного джерелознавства та удосконалювати матеріально-технічне та інформаційне забезпечення фондів, підтримувати його на рівні, що корелюється з сучасними вимогами до такого типу фондосховищ у розвинених країнах.