Відділ є новим науковим підрозділом ІА НАНУ. Навесні 2014 р., був створений відділ археології Криму у ІА НАНУ, у Києві з частини співробітників Кримського філіалу ІА НАНУ (м. Сімферополь) під керівництвом чл.-кор. НАНУ, д.і.н. В.П. Чабая. На початку 2017 р. у процесі реорганізації ІА НАНУ на базі відділу археології Північно-Західного Причорномор’я в м. Одесі і відділу археології Криму створений відділ археології Криму і Північно-Західного Причорномор’я.

У 2015 році відділ археології Криму в Києві і відділ археології Північно-Західного Причорномор’я в Одесі успішно відзвітували за період наукової роботи за своїми державними науково-дослідними роботами (НДР) 2011–2015 рр. Після цього відділам були затверджені нові державні НДР на 2016–2020 рр. З 2016 р. відділи виконують дослідження за цими окремими НДР темами. Таким чином, співробітники відділу археології Криму і Північно-Західного Причорномор’я будуть працювати за двома окремими темами до кінця 2020 р.